日本自然资源贫乏，除煤炭、天然气、硫磺等极少量矿产资源外，其他工业生产所需的主要原料、燃料等都要从海外进口。但是，日本森林和渔业资源丰富，森林覆盖率占日本陆地面积的69%，是世界上森林覆盖率最高的国家之一。北海道和日本海是世界著名的大渔场，盛产700多种鱼类。

日本的植物种类繁多。在日本本土生长着约5560种植物（4720种被子植物，40种裸子植物，800种蕨类植物）。约有1950种被子植物和裸子植物为日本本土原生植物，约占日本所有被子植物和裸子植物的35%。约有1600种被子植物和高裸子植物为日本当地的原生植物。截止到2011年11月，共有超过6万种生物在日本生息。