公路
截至2013年，公路网涵盖98721公里，其中高速公路1821公里。相较于半岛，沙砂公路系统较不完善，为此泛婆罗洲大道建设计划被推出，该大道全长2239公里，横跨沙砂各城镇，预计2025年完成。

该国高速公路网络比较发达，主要城市中心、港口和重要工业区都有高速公路连接沟通。高速公路分政府建设和民营开发两部分，但设计、建造、管理统一由国家大道局负责。最长的高速公路是南北大道，全长800公里，介于泰国边界与新加坡之间。




铁路

大吉隆坡/巴生谷综合运输系统

该国铁路系统为国营的，分布于半岛（东海岸线、西海岸线）和沙巴州（沙巴州铁路）。截至2003年，铁路总长2267公里。 半岛的铁路贯穿马来半岛，和曼谷及新加坡都有链接。2010年，该国公布兴建隆新高铁，将往返吉隆坡和新加坡的时间大幅降至90分钟。
在某些城市有造价相对低廉的铁路运输系统，例如在吉隆坡拥有轻快铁系统（LRT）、捷运系统（MRT）、单轨列车（KL Monorail）。此外，还有连接吉隆坡国际机场和吉隆坡中央车站的吉隆坡机场快铁（KLIA Ekspres）。


水运
该国内河运输不发达，而海运80%以上依赖外航。共有各类船只1008艘，其中100吨位以上的注册商船508艘，注册总吨位175.5万吨；远洋船只50艘。主要航运公司为马来西亚国际船务公司。 2013年该国水运货物5.06亿吨。

此外，该国港口共有19个。 主要国际港口有巴生港、槟城港、柔佛港、马六甲港、皇京港、丹戎帕拉帕斯港、关丹港、甘马挽港、古晋港、民都鲁港和纳闽港等。


空运

吉隆坡国际机场

该国民航公司主要有马来西亚航空公司（马航）及亚洲航空公司（亚航）。该国共有118座机场，其中38座铺设硬面跑道。其中国际机场共6座，即吉隆坡国际机场、槟城国际机场、兰卡威国际机场、哥打基纳巴卢国际机场、古晋国际机场、士乃国际机场，这些机场与其他国内航线机场构成了空运的主干网络。中国许多航空公司每周也会定期往返两地 。